Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés.

Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages.

Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée.

Lors de chaque campagne, un protocole d'échantillonnage expérimental INRAe est mis en oeuvre. Ce protocole implique des dispositifs d'immersion (1 mois) de lames de verre, une mesure in situ de concentration en chlorophylle-a via BentoTorch puis une récolte du biofilm sur ces lames de verre. Le biofilm est conditionné dans (1) dans de l'éthanol à 99.9% pour la détermination des IBDs et des listes floristiques (prestation externalisée, s'appuyant sur la norme NF T90-354) et (2) dans de l'eau minérale pour mesure de concentration de la chlorophylle-a via spectromètre.

La détermination des taxons s'appuie sur la version v17 de la référence TAXREF.

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