2026
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This repository contains raw data files (in .csv format) associated with a study investigating the role of composters in maintaining Drosophila suzukii populations. Nine experimental composters were monitored over two years using emergence traps and continuous temperature recording. A total of 95,322 Drosophilidae were captured from composters over the study period, of which 7,377 were D. suzukii. (2026-04-10)
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L'étude de la végétation rivulaire dans les zones exondées repose sur l'observation des communautés végétales naturelles colonisant les vasières nouvellement exposées, à différentes échelles temporelles (variations intra- et interannuelles) et à des échelles spatiales imbriquées. L'inventaire botanique est réalisé selon la méthode de Braun-Blanquet. Le protocole d'échantillonnage est stratifié afin de maximiser la diversité enregistrée. Pour chaque zone d'étude, un transect perpendiculaire au lit de la rivière est établi, où des bandes parallèles au cours d'eau sont marquées sur le terrain en fonction du taux d'exposition. Cette couche indique l'emplacement de ces zones d'étude, le tracé des transects et des informations concernant les unités de végétation enregistrées entre 2021 et 2026.
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L'étude de la végétation rivulaire dans les zones exondées repose sur l'observation des communautés végétales naturelles colonisant les vasières nouvellement exposées, à différentes échelles temporelles (variations intra- et interannuelles) et à des échelles spatiales imbriquées. L'inventaire botanique est réalisé selon la méthode de Braun-Blanquet. Le protocole d'échantillonnage est stratifié afin de maximiser la diversité enregistrée. Pour chaque zone d'étude, un transect perpendiculaire au lit de la rivière est établi, sur lequel sont positionnés des quadrats de 25m2 (5x5m). Ces quadrats sont utilisés pour l'identification des substrats ainsi que la détermination des espèces présentes (au sol et selon des strates verticales). Toutes les espèces présentes dans les quadrats ont été recensées et leur abondance a été estimée. Les unités de végétations principales ont également été décrites. Cette couche donne les localisations de ces secteurs d'étude ainsi que les différentes informations les caractérisant (cours d'eau, point de référence, position sur le bassin versant, transect, quadrat associé) pour les sessions de campagnes de 2021 à 2026.
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L'étude de la végétation rivulaire dans les zones exondées repose sur l'observation des communautés végétales naturelles colonisant les vasières nouvellement exposées, à différentes échelles temporelles (variations intra- et interannuelles) et à des échelles spatiales imbriquées. L'inventaire botanique est réalisé selon la méthode de Braun-Blanquet. Le protocole d'échantillonnage est stratifié afin de maximiser la diversité enregistrée. Pour chaque zone d'étude, un transect perpendiculaire au lit de la rivière est établi, sur lequel sont positionnés des quadrats de 25m2 (5x5m). Ces quadrats sont utilisés pour l'identification des substrats ainsi que la détermination des espèces présentes (au sol et selon des strates verticales). Cette couche indique l'emplacement de ces zones d'étude, le tracé des transects et des informations concernant les quadrats enregistrées entre 2021 et 2026.
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This dataset is linked to the manuscript “A recipe for a good π. How to properly estimate population genetics summary statistics and why we should systematically report them.” It gathers all data, metadata, and scripts necessary to generate the figures. To redo analyses and figures, one can download the whole directory and follow the README.md plus Jupyter notebooks detailing the whole pipeline (2026-01-23)
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Title: Necrosis is a major driver of thermal stress-induced mortality in Drosophila melanogaster larvae: cellular and molecular insights across acclimation phenotypes Authors: Fatemeh Saeidi & Hervé Colinet Affiliation: Université de Rennes, CNRS, ECOBIO (Ecosystèmes, biodiversité, évolution) – UMR 6553, 35000 Rennes, France This repository contains raw data files (in .txt format) associated with the study investigating cell death dynamics induced by cold (-3°C) and heat (38°C) stress in third-instar Drosophila melanogaster larvae. The study compared three acclimation phenotypes: - LNA: Non-acclimated larvae (reared at 25°C for 4 days) - LCA: Cold-acclimated larvae (reared at 15°C for 10 days) - LHA: Heat-acclimated larvae (reared at 30°C for 3 days) All data files are in tab-delimited text format (.txt). For detailed statistical methods, please refer to the Materials & Methods section of the associated manuscript. LNA : Non-acclimated larvae (reared at 25°C for 4 days) LCA : Cold-acclimated larvae (reared at 15°C for 10 days) LHA : Heat-acclimated larvae (reared at 30°C for 3 days) BS : Black spots (melanized lesions) NBS : No black spots Co : Unstressed control CTCF : Corrected total cell fluorescence ROS : Reactive oxygen species GLM : Generalized linear model GLMM : Generalized linear mixed model PCA : Principal component analysis RpL32 : Reference gene used for normalization
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