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  • L'étude de la végétation rivulaire repose sur l'observation des communautés végétales naturelles colonisant spontanément les surfaces nouvellement exposées suite à l’effacement des barrages de Vezins et de La-Roche-Qui-Boit. Le dispositif de suivi des végétations comprend deux approches complémentaires : i) une méthode d'échantillonnage des végétations basée sur la réalisation de relevés floristiques (composition & structure) effectués au sein d’une série de quadrats positionnés le long d’un transect ii) un suivi des Unités de Végétations (UV) observées au sein de la vallée Ce jeu de données concerne spécifiquement la caractérisation globale observée sur chaque quadrat en termes de strates et concerne uniquement l'Observatoire Sélune (2021-2026). Le dispositif de suivi par échantillonnage s’appuie sur des relevés distribués en différents points de l’espace (longitudinalement & latéralement). Il vise à identifier la diversité de la flore et des végétations et décrire la structure des formations & communautés végétales émergeantes au sein de la néo-vallée. Mis en œuvre annuellement (infra-annuel uniquement pour 2021, avant démantèlement), ce suivi vise à identifier et caractériser les trajectoires d’évolution de ces végétations au cours du temps. Le protocole d'échantillonnage de la végétation est mis en œuvre au droit de plusieurs stations situées le long du cours de la Sélune et à l’embouchure de plusieurs affluents situés dans l’emprise des deux anciennes retenues d’eau. L’échantillon de stations est complété par un lot de stations positionnées en dehors de l’emprise des deux anciennes retenues, à l’aval et à l’amont, et qui constituent des stations dites de « référence ». Pour chaque station, un transect est établi perpendiculairement au chenal, depuis la berge jusqu’à un point de référence situé au niveau de l’ancienne cote de la retenue d’eau (i.e. 60m NGF pour Vezins & 28.5m NGF pour LRQB). Le long de ce transect, des quadrats de 25m² (5mx5m) sont positionnés selon des intervalles de distances fixées préalablement. Ces quadrats (nommés Q1 à Q1+n) constituent l’unité élémentaire au sein de laquelle des paramètres abiotiques (pente, texture…) et biotiques (composition, structure) sont caractérisés et évalués. Le nombre de quadrat échantillonné par station varie en fonction de la largeur de rive exondée (ou longueur du transect). Il est complété par un quadrat de référence, situé au-delà de cette cote maximale (nommé Q0). L’inventaire de la flore vasculaire i.e. les espèces végétales herbacées et ligneuses au sein des quadrats vise l’exhaustivité et une identification jusqu’au rang spécifique, voire sub-spécifique. La caractérisation globale évoquée concerne principalement, pour chaque quadrat, la typologie de sol rencontrée (cf. dictionnaire d'attribut), la pente (cf. dictionnaire d'attribut), les proportions de recouvrement en eau, sol nu et litière ainsi que, pour chacune des 6 strates détérminées (cf. dictionnaire d'attribut) : les bornes de hauteur considérées, la hauteur maximale et moyenne et la proportion de recouvrement (par rapport au 25m2 du quadrat). Cette couche donne, pour chaque quadrat de suivi de l'échantillonnage des végétations de 2021 à 2026, les informations suivantes : – Informations du quadrat (id, code, numéro et distance de son centroïde au point de référence de la station), – Informations de la campagne (id, code, date, campagne), – Informations de la station (code, nom, protocole appliqué, nombre de quadrats, code du point de référence Sélune associé et, en découlant : positionnement sur le bassin versant, distance à la mer, distance à la source et cours d’eau, altitude de référence du cours d’eau) – Informations sur le transect par campagne (numéro et longueur, coordonnées X, Y, LON, LAT des points de référence « NGF» et de fin « rive ») – Information concernant les strates (identifiées ou non), la typologie du sol, les recouvrements en eau, sol nu et litière, ainsi que le détail pour chaque strate (libellé de strate ‘muscinale’, ‘herbacée’, ‘arbustive jeune plant’, ‘arbustive basse’, ‘arbustive haute’ et ‘arborescente, les bornes de hauteur de la strate, le recouvrement associé, les hauteurs maximale et moyenne de la strate) – Géométrie « point » (par défaut) correspondant au point de référence du transect

  • L'étude de la végétation rivulaire repose sur l'observation des communautés végétales naturelles colonisant spontanément les surfaces nouvellement exposées suite à l’effacement des barrages de Vezins et de La-Roche-Qui-Boit. Le dispositif de suivi des végétations comprend deux approches complémentaires : i) une méthode d'échantillonnage des végétations basée sur la réalisation de relevés floristiques (composition & structure) effectués au sein d’une série de quadrats positionnés le long d’un transect ii) un suivi des Unités de Végétations (UV) observées au sein de la vallée Cette fiche concerne spécifiquement le suivi des Unités de Végétations (UV) observées au sein de la vallée, uniquement pour les données issues de l'Observatoire Sélune (2021-2026) Le dispositif de suivi des Unités de Végétation s’appuie sur l’identification de végétations distribuées le long du transect de chaque -station du cours principal. Il vise à obtenir une vision représentative de la diversité et de l’organisation formations et communautés végétales. Ce suivi consiste à identifier les discontinuités en termes de composition et de structure des différentes végétations qui se développent au sein de la néo-vallée le long du transect qui descend jusqu’à la berge et de notifier leur emprise (distance en mètres depuis le point de référence situé au bord de l’ancienne retenue). Ces données peuvent être mobilisées pour établir un pro rata des différentes formations végétales rencontrées le long du transect. Bien que cette valeur ne soit ainsi véritablement valable qu’au droit du transect de chaque station, cette information peut potentiellement constituer une approximation de l’hétérogénéité et de la distribution des végétations à l’échelle de la vallée. Cette couche donne, pour chaque station de suivi de la végétation rivulaire et chaque campagne de 2021 à 2026, les informations suivantes : – Information de la campagne (id, code, date, campagne), – Information de la station (code, nom, protocole appliqué, nombre de quadrats, code du point de référence Sélune associé et, en découlant : positionnement sur le bassin versant, distance à la mer, distance à la source et cours d’eau) – Information sur le transect par campagne (numéro et longueur, coordonnées X, Y, LON, LAT des points de référence « NGF» et de fin « rive ») – Information concernant les Unités de Végétations (UV) identifiées par campagne (nombre, description : code, position du début, position de fin, caractéristiques EUNIS3, 4) – Origine de la donnée (« Observatoire Sélune », « Hors Observatoire Sélune », « Projet Séripage », ou « Projet Restaure ») – Géométrie « point » (par défaut) correspondant au point de référence du transect – Géométrie « ligne » (alternative) du transect associé pour chaque campagne. L'étude de la végétation rivulaire dans les zones exondées repose sur l'observation des communautés végétales naturelles colonisant les vasières nouvellement exposées, à différentes échelles temporelles (variations intra- et interannuelles) et à des échelles spatiales imbriquées. L'inventaire botanique est réalisé selon la méthode de Braun-Blanquet. Le protocole d'échantillonnage est stratifié afin de maximiser la diversité enregistrée. Pour chaque zone d'étude, un transect perpendiculaire au lit de la rivière est établi, où des bandes parallèles au cours d'eau sont marquées sur le terrain en fonction du taux d'exposition. Cette couche indique l'emplacement de ces zones d'étude, le tracé des transects et des informations concernant les unités de végétation enregistrées entre 2021 et 2026.

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    This repository contains raw data files (in .csv format) associated with a study investigating the role of composters in maintaining Drosophila suzukii populations. Nine experimental composters were monitored over two years using emergence traps and continuous temperature recording. A total of 95,322 Drosophilidae were captured from composters over the study period, of which 7,377 were D. suzukii. (2026-04-10)

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    This dataset is linked to the manuscript “A recipe for a good π. How to properly estimate population genetics summary statistics and why we should systematically report them.” It gathers all data, metadata, and scripts necessary to generate the figures. To redo analyses and figures, one can download the whole directory and follow the README.md plus Jupyter notebooks detailing the whole pipeline (2026-01-23)

  • L'étude de la végétation rivulaire repose sur l'observation des communautés végétales naturelles colonisant spontanément les surfaces nouvellement exposées suite à l’effacement des barrages de Vezins et de La-Roche-Qui-Boit. Le dispositif de suivi des végétations comprend deux approches complémentaires : i) une méthode d'échantillonnage des végétations basée sur la réalisation de relevés floristiques (composition & structure) effectués au sein d’une série de quadrats positionnés le long d’un transect ii) un suivi des Unités de Végétations (UV) observées au sein de la vallée Ce jeu de données concerne spécifiquement la caractérisation globale observée sur chaque quadrat en termes de strates et concerne uniquement l'Observatoire Sélune (2021-2026). Le dispositif de suivi par échantillonnage s’appuie sur des relevés distribués en différents points de l’espace (longitudinalement & latéralement). Il vise à identifier la diversité de la flore et des végétations et décrire la structure des formations & communautés végétales émergeantes au sein de la néo-vallée. Mis en œuvre annuellement (infra-annuel uniquement pour 2021, avant démantèlement), ce suivi vise à identifier et caractériser les trajectoires d’évolution de ces végétations au cours du temps. Le protocole d'échantillonnage de la végétation est mis en œuvre au droit de plusieurs stations situées le long du cours de la Sélune et à l’embouchure de plusieurs affluents situés dans l’emprise des deux anciennes retenues d’eau. L’échantillon de stations est complété par un lot de stations positionnées en dehors de l’emprise des deux anciennes retenues, à l’aval et à l’amont, et qui constituent des stations dites de « référence ». Pour chaque station, un transect est établi perpendiculairement au chenal, depuis la berge jusqu’à un point de référence situé au niveau de l’ancienne cote de la retenue d’eau (i.e. 60m NGF pour Vezins & 28.5m NGF pour LRQB). Le long de ce transect, des quadrats de 25m² (5mx5m) sont positionnés selon des intervalles de distances fixées préalablement. Ces quadrats (nommés Q1 à Q1+n) constituent l’unité élémentaire au sein de laquelle des paramètres abiotiques (pente, texture…) et biotiques (composition, structure) sont caractérisés et évalués. Le nombre de quadrat échantillonné par station varie en fonction de la largeur de rive exondée (ou longueur du transect). Il est complété par un quadrat de référence, situé au-delà de cette cote maximale (nommé Q0). L’inventaire de la flore vasculaire i.e. les espèces végétales herbacées et ligneuses au sein des quadrats vise l’exhaustivité et une identification jusqu’au rang spécifique, voire sub-spécifique. La caractérisation du recouvrement par espèce végétale sur un quadrat permet de présenter, pour chaque quadrat, l'ensemble des espèces identifiées sur le terrain (détermination taxonomique et proportion (%) de recouvrement sur le quadrat et pour la strate considérée. Cette couche donne, pour chaque quadrat de chaque station de suivi de la végétation rivulaire et chaque campagne de l’Observatoire Sélune de 2021 à 2026, les informations suivantes : – Informations du quadrat (id, code, numéro et distance de son centroïde au point de référence de la station), – Informations de la campagne (id, code, date, campagne), – Informations de la station (code, nom, protocole appliqué, nombre de quadrats, code du point de référence Sélune associé et, en découlant : positionnement sur le bassin versant, distance à la mer, distance à la source et cours d’eau, altitude de référence du cours d’eau) – Informations sur le transect par campagne (numéro et longueur, coordonnées X, Y, LON, LAT des points de référence « NGF» et de fin « rive ») – Information concernant les taxons identifiés : détermination taxonomique, nom scientifique, et vernaculaire, strate d’identification et recouvrement sur cette strate – Information concernant la strate d’identification : son libellé ‘muscinale’, ‘herbacée’, ‘arbustive jeune plant’, ‘arbustive basse’, ‘arbustive haute’ et ‘arborescente ainsi que les bornes de hauteur – Géométrie « point » (par défaut) correspondant au point de référence du transect

  • L'étude de la végétation rivulaire repose sur l'observation des communautés végétales naturelles colonisant spontanément les surfaces nouvellement exposées suite à l’effacement des barrages de Vezins et de La-Roche-Qui-Boit. Le dispositif de suivi des végétations comprend deux approches complémentaires : i) une méthode d'échantillonnage des végétations basée sur la réalisation de relevés floristiques (composition & structure) effectués au sein d’une série de quadrats positionnés le long d’un transect ii) un suivi des Unités de Végétations (UV) observées au sein de la vallée Ce jeu de données concerne spécifiquement le suivi des quadrats utilisés dans la méthode d'échantillonnage des végétations, uniquement pour les données issues de l'Observatoire Sélune (2021-2026) Le dispositif de suivi par échantillonnage s’appuie sur des relevés distribués en différents points de l’espace (longitudinalement & latéralement). Il vise à identifier la diversité de la flore et des végétations et décrire la structure des formations & communautés végétales émergeantes au sein de la néo-vallée. Mis en œuvre annuellement (infra-annuel uniquement pour 2021, avant démantèlement), ce suivi vise à identifier et caractériser les trajectoires d’évolution de ces végétations au cours du temps. Le protocole d'échantillonnage de la végétation est mis en œuvre au droit de plusieurs stations situées le long du cours de la Sélune et à l’embouchure de plusieurs affluents situés dans l’emprise des deux anciennes retenues d’eau. L’échantillon de stations est complété par un lot de stations positionnées en dehors de l’emprise des deux anciennes retenues, à l’aval et à l’amont, et qui constituent des stations dites de « référence ». Pour chaque station, un transect est établi perpendiculairement au chenal, depuis la berge jusqu’à un point de référence situé au niveau de l’ancienne cote de la retenue d’eau (i.e. 60m NGF pour Vezins & 28.5m NGF pour LRQB). Le long de ce transect, des quadrats de 25m² (5mx5m) sont positionnés selon des intervalles de distances fixées préalablement. Ces quadrats (nommés Q1 à Q1+n) constituent l’unité élémentaire au sein de laquelle des paramètres abiotiques (pente, texture…) et biotiques (composition, structure) sont caractérisés et évalués. Le nombre de quadrat échantillonné par station varie en fonction de la largeur de rive exondée (ou longueur du transect). Il est complété par un quadrat de référence, situé au-delà de cette cote maximale (nommé Q0). L’inventaire de la flore vasculaire i.e. les espèces végétales herbacées et ligneuses au sein des quadrats vise l’exhaustivité et une identification jusqu’au rang spécifique, voire sub-spécifique. Cette couche donne, pour chaque quadrat de suivi de l'échantillonnage des végétations de 2021 à 2026, les informations suivantes : – Information sur le quadrat (id, code, numéro spécifique, distance au point de référence de la station) – Information de la campagne (id, code, date, campagne), – Information de la station (code, nom, protocole appliqué, nombre de quadrats, code du point de référence Sélune associé et, en découlant : positionnement sur le bassin versant, distance à la mer, distance à la source et cours d’eau) – Information sur le transect par campagne (numéro et longueur, coordonnées X, Y, LON, LAT des points de référence « NGF» et de fin « rive ») – Géométrie « point » correspondant au point de référence du transect ou de la station

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    Title: Necrosis is a major driver of thermal stress-induced mortality in Drosophila melanogaster larvae: cellular and molecular insights across acclimation phenotypes Authors: Fatemeh Saeidi & Hervé Colinet Affiliation: Université de Rennes, CNRS, ECOBIO (Ecosystèmes, biodiversité, évolution) – UMR 6553, 35000 Rennes, France This repository contains raw data files (in .txt format) associated with the study investigating cell death dynamics induced by cold (-3°C) and heat (38°C) stress in third-instar Drosophila melanogaster larvae. The study compared three acclimation phenotypes: - LNA: Non-acclimated larvae (reared at 25°C for 4 days) - LCA: Cold-acclimated larvae (reared at 15°C for 10 days) - LHA: Heat-acclimated larvae (reared at 30°C for 3 days) All data files are in tab-delimited text format (.txt). For detailed statistical methods, please refer to the Materials & Methods section of the associated manuscript. LNA : Non-acclimated larvae (reared at 25°C for 4 days) LCA : Cold-acclimated larvae (reared at 15°C for 10 days) LHA : Heat-acclimated larvae (reared at 30°C for 3 days) BS : Black spots (melanized lesions) NBS : No black spots Co : Unstressed control CTCF : Corrected total cell fluorescence ROS : Reactive oxygen species GLM : Generalized linear model GLMM : Generalized linear mixed model PCA : Principal component analysis RpL32 : Reference gene used for normalization

  • L'étude de la végétation rivulaire repose sur l'observation des communautés végétales naturelles colonisant spontanément les surfaces nouvellement exposées suite à l’effacement des barrages de Vezins et de La-Roche-Qui-Boit. Le dispositif de suivi des végétations comprend deux approches complémentaires : i) une méthode d'échantillonnage des végétations basée sur la réalisation de relevés floristiques (composition & structure) effectués au sein d’une série de quadrats positionnés le long d’un transect ii) un suivi des Unités de Végétations (UV) observées au sein de la vallée i) Suivi par échantillonnage : Le dispositif de suivi par échantillonnage s’appuie sur des relevés distribués en différents points de l’espace (longitudinalement & latéralement). Il vise à identifier la diversité de la flore et des végétations et décrire la structure des formations & communautés végétales émergeantes au sein de la néo-vallée. Mis en œuvre annuellement (infra-annuel uniquement pour 2021, avant démantèlement), ce suivi vise à identifier et caractériser les trajectoires d’évolution de ces végétations au cours du temps. Le protocole d'échantillonnage de la végétation est mis en œuvre au droit de plusieurs stations situées le long du cours de la Sélune et à l’embouchure de plusieurs affluents situés dans l’emprise des deux anciennes retenues d’eau. L’échantillon de stations est complété par un lot de stations positionnées en dehors de l’emprise des deux anciennes retenues, à l’aval et à l’amont, et qui constituent des stations dites de « référence ». Pour chaque station, un transect est établi perpendiculairement au chenal, depuis la berge jusqu’à un point de référence situé au niveau de l’ancienne cote de la retenue d’eau (i.e. 60m NGF pour Vezins & 28.5m NGF pour LRQB). Le long de ce transect, des quadrats de 25m² (5mx5m) sont positionnés selon des intervalles de distances fixées préalablement. Ces quadrats (nommés Q1 à Q1+n) constituent l’unité élémentaire au sein de laquelle des paramètres abiotiques (pente, texture…) et biotiques (composition, structure) sont caractérisés et évalués. Le nombre de quadrat échantillonné par station varie en fonction de la largeur de rive exondée (ou longueur du transect). Il est complété par un quadrat de référence, situé au-delà de cette cote maximale (nommé Q0). L’inventaire de la flore vasculaire i.e. les espèces végétales herbacées et ligneuses au sein des quadrats vise l’exhaustivité et une identification jusqu’au rang spécifique, voire sub-spécifique. ii) Suivi des Unités de Végétation : Le dispositif de suivi des Unités de Végétation s’appuie sur l’identification de végétations distribuées le long du transect de chaque station du cours principal. Il vise à obtenir une vision représentative de la diversité et de l’organisation formations et communautés végétales. Ce suivi consiste à identifier les discontinuités en termes de composition et de structure des différentes végétations qui se développent au sein de la néo-vallée le long du transect qui descend jusqu’à la berge et de notifier leur emprise (distance en mètres depuis le point de référence situé au bord de l’ancienne retenue). Ces données peuvent être mobilisées pour établir un pro rata des différentes formations végétales rencontrées le long du transect. Bien que cette valeur ne soit ainsi véritablement valable qu’au droit du transect de chaque station, cette information peut potentiellement constituer une approximation de l’hétérogénéité et de la distribution des végétations à l’échelle de la vallée. Cette couche donne, pour chaque station de suivi de la végétation rivulaire et chaque campagne de 2021 à 2026, les informations suivantes : – Information de la campagne (id, code, date, campagne), – Information de la station (code, nom, protocole appliqué, nombre de quadrats, code du point de référence Sélune associé et, en découlant : positionnement sur le bassin versant, distance à la mer, distance à la source et cours d’eau) – Information sur le transect par campagne (numéro et longueur, coordonnées X, Y, LON, LAT des points de référence « NGF» et de fin « rive ») – Information concernant les Unités de Végétations (UV) identifiées par campagne (nombre, description : code, position du début, position de fin, caractéristiques EUNIS3, 4) – Origine de la donnée (« Observatoire Sélune », « Hors Observatoire Sélune », « Projet Séripage », ou « Projet Restaure ») – Géométrie « point » (par défaut) correspondant au point de référence du transect – Géométrie « ligne » (alternative) du transect associé pour chaque campagne.

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    Datasets and R scripts linked to the study : "Winter warming and agricultural plant diversification promote ground beetles and spiders with contrasted functional thermal responses" This study is part of the PhD thesis of H. Arezki affiliated with the ECOBIO UMR (CNRS, University of Rennes) with the participation of the LTSER Zone Atelier Armorique for the study here and associated with FLOWER (leader Joan Van Baaren) and PLANTSERV projects (leader Cécile Le Lann) with the financial support of the French Office of Biodiversity (OFB), as part of the call for research projects “Sustainable crop protection without neonicotinoids: improving the emerging levers and opening up more innovative perspectives”, with the fees for diffuse pollution coming from the Ecophyto II+ plan. This study was supported by a grant to Cécile Le Lann from the French Foundation for Biodiversity Research (FRB). (2025-01-12)