Ce projet a pour ambition de mettre en place des méthodes qui permettront de suivre le retour des poissons migrateurs emblématiques tels que le saumon ou l’anguille dans la vallée de la Sélune après sa remise en continuité.

Les tronçons hydrographiques, constituants des cours d'eau, ont été extraits de la BD Topage sur l'emprise de la zone d'étude.

Les macrophytes sont un ensemble de plantes aquatiques. Elles se situent à la base de la chaine alimentaire et peuvent fournir un habitat à de nombreuses autres espèces. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBMR). Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Les paramètres suivis sont la composition spécifique et le recouvrement, sur 8 stations du cours principal situées à l’amont, à l’aval et sur les zones néo-lotiques des communautés de macrophytes. La fréquence du suivi consiste en une campagne annuelle pour les stations hors retenues (S0, S1 et S5) et deux campagnes annuelles (printemps/automne) pour les stations néo-lotiques (S2, S3.4, S4.1 et S6). Le protocole mis en œuvre est le protocole d’échantillonnage des macrophytes et bryophytes suivant la norme NF T90-395 (octobre 2003) qui définit l’IBMR. Les taxa sont prélevés pour être identifiés en laboratoire. Cette couche donne la valeur de l'indice IBMR et EQR (normé) à une station pour une campagne ainsi que les informations concernant la robustesse de cet indice, les quantités de taxons utilisés pour le calcul de ces indices mais également des informations en terme de proportion de grands groupes floristiques (heterotrophes, algues, bryophytes, pteridophytes, helophytes, phanerogrames, végétation flottante et végétation immergée).

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des biofilms photosynthétiques ainsi que les campagnes réalisées.

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Lors de chaque campagne, un protocole d'échantillonnage expérimental INRAe est mis en oeuvre. Ce protocole implique des dispositifs d'immersion (1 mois) de lames de verre, une mesure in situ de concentration en chlorophylle-a via BentoTorch puis une récolte du biofilm sur ces lames de verre. Le biofilm est conditionné dans (1) dans de l'éthanol à 99.9% pour la détermination des IBDs et des listes floristiques (prestation externalisée, s'appuyant sur la norme NF T90-354) et (2) dans de l'eau minérale pour mesure de concentration de la chlorophylle-a via spectromètre. NB : l'année 2023 n'est pas couverte en matière de mesure de concentration en chlorophylle-a via Spectrométrie suite à un problème de conservation basse température des échantillons. Ce jeu de données propose les mesures de concentration moyenne journalière de chlorophylle-a et de phéopigment en µg/cm2/jour

Ce projet étudie les traits d’histoire de vie de l’anguille et du flet, deux espèces migratrices qui vivent en rivière et se reproduisent en mer, avant la remise en continuité de la Sélune, afin d’anticiper ses effets par la suite. Données : - Captures d'individus d'anguilles et de flets (réalisées au moins pour dans le cadre de l'Observatoire, pour les anguilles) - Taux de graisse fat meter et extraction au chloroforme ; - Taux d’énergie (bombe calorimétrique sur les tissus musculaires) - Position et niche trophique - Age et taux de croissance - Profil de migration et d’utilisation du bassin - Prévalence et abondance des métazoaires parasites (de façon globale et pour chaque espèce de parasite), diversité des communautés parasitaires - Diversité et état du microbiome intestinal déterminés Sites : 6 sites au total : Sélune (Pêcherie + Roche qui Boit), Oir, Beuvron, Sée, Couesnon, Marais de Dol - Anguilles : 5 sites (Sélune Pêcherie + Roche qui Boit, Oir, Beuvron, Sée) - Flets : 4 sites (Sélune, Sée, Couesnon et Marais de Dol)

En quelques mots : La remise en continuité des milieux aquatiques continentaux est une des mesures-phares de la Directive Cadre sur l’Eau, et doit s’opérer soit par des réaménagements des obstacles existants, soit par des arasements. Cette seconde solution a été choisie pour la Sélune, dans le cadre d’une opération qui fait l’objet d’un suivi scientifique. Celui-ci a pour objectif, dans le cadre du suivi des biocénoses, de nous aider à comprendre les conséquences de cet arasement sur les espèces migratrices et invasives. L'effacement des barrages et la remise en continuité du fleuve peuvent avoir des conséquences aussi bien positives que négatives. Objectifs Ce projet a pour but d'apporter des réponses aux questions inter-connectées suivantes : quelles sont les espèces qui profitent de l'effacementt des barrages pour (re)coloniser la Sélune et ses affluents ? quelles sont les conséquences de la remise en continuité sur la distribution des espèces et leur structure démo-génétique à l'échelle du bassin versant ? quelles sont les conséquences de la dynamique de (re)colonisation sur les traits des espèces concernées ? Méthodes : pêches scientifiques ; suivi par caméra hydro-acoustique ; analyse ADNe ; analyse démographique Données - Pêches truites (IAT) - Pêche anguilles (IAA) - Pêche lamproies (IAL) - Pêche toutes espèces (PTE) - Pêche écrevisses (IAE) - Identification des saumons atlantiques en montaison - Prélèvements d'otolithes sur des tacons - Comptages de frayères de lamproies et de saumons - Inventaires des communautés de plantes aquatiques - Détection d'écrevisses

Ce projet évalue l’impact de la restauration de la connectivité entre populations de poissons suite à l’effacement des barrages de la Sélune. Il se base sur le calcul d’un indice de fragmentation génétique sur 5 espèces de poissons. Données : - Analyse génétique et F-index