Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Lors de chaque campagne, un protocole d'échantillonnage expérimental INRAe est mis en oeuvre. Ce protocole implique des dispositifs d'immersion (1 mois) de lames de verre, une mesure in situ de concentration en chlorophylle-a via BentoTorch puis une récolte du biofilm sur ces lames de verre. Le biofilm est conditionné dans (1) dans de l'éthanol à 99.9% pour la détermination des IBDs et des listes floristiques (prestation externalisée, s'appuyant sur la norme NF T90-354) et (2) dans de l'eau minérale pour mesure de concentration de la chlorophylle-a via spectromètre. NB : l'année 2023 n'est pas couverte en matière de mesure de concentration en chlorophylle-a via Spectrométrie suite à un problème de conservation basse température des échantillons. Ce jeu de données propose les mesures de concentration moyenne journalière de chlorophylle-a et de phéopigment en µg/cm2/jour

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des biofilms photosynthétiques ainsi que les campagnes réalisées.

En quelques mots : La vidange des deux retenues associés aux barrages de la Sélune va provoquer une modification des flux de sédiments et de substances organiques ou minérales jusque-là piégés dans les retenues en aval des barrages. Cette modification pourrait affecter les biocœnoses bentho-démersales situées plus en aval, au contact de la baie du Mont Saint Michel, dans la zone dite « petite baie ». Objectifs effectuer un état initial (pré-vidange) des communautés benthiques et bentho-démersales des estuaires de la Sélune et de la Sée (témoin), caractériser la variabilité saisonnière de ces deux communautés en termes de composition et d’assemblage, intégrer une approche fonctionnelle de l’estuaire en incluant le dynamisme trophique via l’analyse des contenus stomacaux des espèces ichtyologiques et la détermination de l’ensemble des sources trophiques par la technique d’analyses isotopiques Données prélèvements d'invertébrés macrobenthiques et d'icthyofaune analyses isotopiques analyse des contenus stomacaux (GCA) des poissons mesure de paramètres physico-chimiques et analyse de la granulométrie

Ce projet a pour objectif de comprendre les échanges entre la nappe souterraine et l’eau de la Sélune. Cette connaissance permettra de prévenir les changements physiques, chimiques et biologiques que la remise en continuité va engendrer sur la qualité de l’eau de la Sélune. Données : - chroniques de hauteurs d'eau - chroniques de mesure de T° à différentes positions dans les sédiments dans la rivière et dans les piézomètres - données de capteurs de pression différentiel à certains endroits de la rivière, - données de concentration d'éléments chimiques (N, P, gaz dissous, ..) dans les sédiments - données de fibre optique - données de campagnes Lidar Sites : Au début du projet, deux sites principaux, de quelques centaines de mètres, sont situés à proximité : - du Pont de Signy - du Pont des Biards D'autres sites pourraient ensuite être ajoutés, si les contraintes logistiques (mobilité de certains protocoles de mesure) le permettent.

Ce projet a pour ambition de mettre en place des méthodes qui permettront de suivre le retour des poissons migrateurs emblématiques tels que le saumon ou l’anguille dans la vallée de la Sélune après sa remise en continuité.

Ce projet évalue l’impact de la restauration de la connectivité entre populations de poissons suite à l’effacement des barrages de la Sélune. Il se base sur le calcul d’un indice de fragmentation génétique sur 5 espèces de poissons. Données : - Analyse génétique et F-index

En quelques mots : La remise en continuité des milieux aquatiques continentaux est une des mesures-phares de la Directive Cadre sur l’Eau, et doit s’opérer soit par des réaménagements des obstacles existants, soit par des arasements. Cette seconde solution a été choisie pour la Sélune, dans le cadre d’une opération qui fait l’objet d’un suivi scientifique. Celui-ci a pour objectif, dans le cadre du suivi des biocénoses, de nous aider à comprendre les conséquences de cet arasement sur les espèces migratrices et invasives. L'effacement des barrages et la remise en continuité du fleuve peuvent avoir des conséquences aussi bien positives que négatives. Objectifs Ce projet a pour but d'apporter des réponses aux questions inter-connectées suivantes : quelles sont les espèces qui profitent de l'effacementt des barrages pour (re)coloniser la Sélune et ses affluents ? quelles sont les conséquences de la remise en continuité sur la distribution des espèces et leur structure démo-génétique à l'échelle du bassin versant ? quelles sont les conséquences de la dynamique de (re)colonisation sur les traits des espèces concernées ? Méthodes : pêches scientifiques ; suivi par caméra hydro-acoustique ; analyse ADNe ; analyse démographique Données - Pêches truites (IAT) - Pêche anguilles (IAA) - Pêche lamproies (IAL) - Pêche toutes espèces (PTE) - Pêche écrevisses (IAE) - Identification des saumons atlantiques en montaison - Prélèvements d'otolithes sur des tacons - Comptages de frayères de lamproies et de saumons - Inventaires des communautés de plantes aquatiques - Détection d'écrevisses

Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Les paramètres suivis sont la composition spécifique et le recouvrement, sur 8 stations du cours principal situées à l’amont, à l’aval et sur les zones néo-lotiques des communautés de macrophytes. La fréquence du suivi consiste en une campagne annuelle pour les stations hors retenues (S0, S1 et S5) et deux campagnes annuelles (printemps/automne) pour les stations néo-lotiques (S2, S3.4, S4.1 et S6). Le protocole mis en œuvre est le protocole d’échantillonnage des macrophytes et bryophytes suivant la norme NF T90-395 (octobre 2003) qui définit l’IBMR. Les taxa sont prélevés pour être identifiés en laboratoire. Cette couche donne La détermination des taxons s'appuie sur la version v17 de la référence TAXREF. Le jeu de données est actuellement sous embargo.