Ce projet étudie les traits d’histoire de vie de l’anguille et du flet, deux espèces migratrices qui vivent en rivière et se reproduisent en mer, avant la remise en continuité de la Sélune, afin d’anticiper ses effets par la suite. Données : - Captures d'individus d'anguilles et de flets (réalisées au moins pour dans le cadre de l'Observatoire, pour les anguilles) - Taux de graisse fat meter et extraction au chloroforme ; - Taux d’énergie (bombe calorimétrique sur les tissus musculaires) - Position et niche trophique - Age et taux de croissance - Profil de migration et d’utilisation du bassin - Prévalence et abondance des métazoaires parasites (de façon globale et pour chaque espèce de parasite), diversité des communautés parasitaires - Diversité et état du microbiome intestinal déterminés Sites : 6 sites au total : Sélune (Pêcherie + Roche qui Boit), Oir, Beuvron, Sée, Couesnon, Marais de Dol - Anguilles : 5 sites (Sélune Pêcherie + Roche qui Boit, Oir, Beuvron, Sée) - Flets : 4 sites (Sélune, Sée, Couesnon et Marais de Dol)

Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Les paramètres suivis sont la composition spécifique et le recouvrement, sur 8 stations du cours principal situées à l’amont, à l’aval et sur les zones néo-lotiques des communautés de macrophytes. La fréquence du suivi consiste en une campagne annuelle pour les stations hors retenues (S0, S1 et S5) et deux campagnes annuelles (printemps/automne) pour les stations néo-lotiques (S2, S3.4, S4.1 et S6). Le protocole mis en œuvre est le protocole d’échantillonnage des macrophytes et bryophytes suivant la norme NF T90-395 (octobre 2003) qui définit l’IBMR. Les taxa sont prélevés pour être identifiés en laboratoire. Cette couche donne La détermination des taxons s'appuie sur la version v17 de la référence TAXREF. Le jeu de données est actuellement sous embargo.

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Lors de chaque campagne, un protocole d'échantillonnage expérimental INRAe est mis en oeuvre. Ce protocole implique des dispositifs d'immersion (1 mois) de lames de verre, une mesure in situ de concentration en chlorophylle-a via BentoTorch puis une récolte du biofilm sur ces lames de verre. Le biofilm est conditionné dans (1) dans de l'éthanol à 99.9% pour la détermination des IBDs et des listes floristiques (prestation externalisée, s'appuyant sur la norme NF T90-354) et (2) dans de l'eau minérale pour mesure de concentration de la chlorophylle-a via spectromètre. La détermination des taxons s'appuie sur la version v17 de la référence TAXREF. Le jeu de données est actuellement sous embargo.

En quelques mots :  Le projet Biomonitoring "Effet des arasements sur les communautés animales et végétales de la Sélune" a pour principal objectif de réaliser un état de référence de la qualité biologique de la Sélune à l’amont et à l’aval des deux barrages ainsi que dans les retenues. Il vise également à identifier les risques (exposition aigüe) pendant les travaux de fixation des boues contaminées de l’Yvrande. Objectifs Répondre aux questions : Comment l'écosystème lotique se restaure-t-il après disparition d'un lac de barrage, et quels nouveaux équilibres écologiques en résultent ? Quels seront les effets des travaux d'arasement sur la qualité des milieux et leurs conséquences sur les biocénoses qui s'y développent ? Méthodes : IBMR ; IBGN ; IBD ; suivi des biofilms ; caractérisation physico-chimique Données :  - Suivi des conditions physico-chimiques (t°c, conductivité, pH...) - Concentration en nitrates, silicates, azote et phosphore total - Suivi des communautés d’invertébrés - Suivi des communautés de phyto- et zoo-plancton, et mesure de la biomasse de phytoplancton - Suivi du biofilm (2015 à 2017) - Suivi des plantes aquatiques (1996) - Relevés floristique des plantes aquatiques (2015, 2017) - Caractérisation toxicologique des poissons de la retenue de Vezins - Analyse des contenus stomacaux (GCA) des poissons

Ce projet évalue l’impact de la restauration de la connectivité entre populations de poissons suite à l’effacement des barrages de la Sélune. Il se base sur le calcul d’un indice de fragmentation génétique sur 5 espèces de poissons. Données : - Analyse génétique et F-index

Ce projet a pour ambition de mettre en place des méthodes qui permettront de suivre le retour des poissons migrateurs emblématiques tels que le saumon ou l’anguille dans la vallée de la Sélune après sa remise en continuité.

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des biofilms photosynthétiques ainsi que les campagnes réalisées.

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Lors de chaque campagne, un protocole d'échantillonnage expérimental INRAe est mis en oeuvre. Ce protocole implique des dispositifs d'immersion (1 mois) de lames de verre, une mesure in situ de concentration en chlorophylle-a via BentoTorch puis une récolte du biofilm sur ces lames de verre. Le biofilm est conditionné dans (1) dans de l'éthanol à 99.9% pour la détermination des IBDs et des listes floristiques (prestation externalisée, s'appuyant sur la norme NF T90-354) et (2) dans de l'eau minérale pour mesure de concentration de la chlorophylle-a via spectromètre. NB : l'année 2023 n'est pas couverte en matière de mesure de concentration en chlorophylle-a via Spectrométrie suite à un problème de conservation basse température des échantillons. Ce jeu de données propose les mesures de concentration moyenne journalière de chlorophylle-a et de phéopigment en µg/cm2/jour

Ce projet compare la mise en place, l’acceptation et le déroulement de projets d’effacements de barrages en France, avec l’exemple de la Sélune, et aux Etats-Unis, où plusieurs cas d’effacements similaires se sont déroulés.

Ce projet a pour ambition de mettre au point et d’appliquer une méthode non invasive de suivi des flux de poissons migrateurs dans la Sélune. Le développement de cette méthode repose sur l’analyse d’images et vidéos prises par une caméra hydroacoustique positionnée dans le cours d’eau.