Les macro invertébrés benthiques (insectes, crustacés, mollusques, vers) forment un important maillon de la chaine alimentaire. Le suivi de ces communautés permet une visualisation rapide d’un changement de conditions environnementales. Dans le cadre du projet Biomonitoring, puis de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Les paramètres suivis sont la composition taxonomique des communautés sur 5 stations du cours principal situées à l’amont, à l’aval et sur les nouveaux habitats lotiques. La fréquence d’échantillonnage impliquent deux campagnes annuelles d’échantillonnage (printemps et automne). Les protocoles mis en œuvre sont la pose de 4 substrats artificiels (SUBART) par station et relevé après 1 mois d’immersion ainsi que 12 prélèvements Surber par station, suivant la norme NF T 90-333 (2016), permettant le calcul de l’I2M2 suivant la norme NF T 90-388 (2020) et Mondy et al., 2012. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des macroinvertébrés benthiques ainsi que les campagnes réalisées dans le cadre du projet Biomonitoring et de l'observatoire Sélune. ce suivi a été finalisé avec les dernières acquisition terrain en 2025.

Le rétablissement du continuum fluvial de la Sélune après l’arasement des barrages permettra la colonisation de l’amont du bassin anciennement inaccessible aux truites. Ainsi, le suivi des populations piscicoles amphihalines de la Sélune est réalisé sur le cours principal et ses affluents, aussi bien en amont qu’en aval des anciens barrages. Ceux-ci permettent d’appréhender la dynamique de ces populations de truites communes avant, pendant et après l’effacement des barrages. Concernant les truites, l’inventaire est réalisé en suivant le protocole VIGITRUITE®. Il s'agit d'un protocole standardisé pour estimer l’abondance des juvéniles de truite (Salmo trutta) en cours d’eau. Il s’appuie sur un échantillonnage par unité d’effort, unité fixée à 5 minutes de pêche effective, et délivre ainsi des abondances en nombre de juvéniles par 5 minutes. Des abaques pour convertir les abondances en densités sont disponibles, et un guide d’interprétation des densités, de faibles à excellentes, est proposé. Il permet de mobiliser sur le terrain un nombre réduit de personnes par rapport aux inventaires traditionnels. Le protocole s’applique en cours d’eau jusqu’à 8 m de large où la profondeur n’excède jamais 60 cm. Il a été validé sur des rivières granitiques et calcaires en Bretagne et Normandie. VIGITRUITE® cible spécifiquement les juvéniles de l’année (0+) et les juvéniles d’un an (1+). L’abondance en 0+ renseigne du remplacement des générations (ou recrutement), utile au suivi démographique des populations. L’abondance des 0+ et 1+ est aussi le reflet de la qualité de l’habitat trutticole et des atteintes ponctuelles à son intégrité (pollution, sédimentation, fragmentation notamment). C’est un outil diagnostic des populations de truite et de leurs habitats en cours d’eau. Ce protocole est appliqué en septembre des années considérées : tous les 2 ans entre 2012 et 2020 puis chaque année de 2021 à 2027. L'année 2020 est particulière à cause du COVID. Pour plus d'information concernant les condition d'acquisition, se reporter aux rapports de l'observatoire Sélune des biocénoses dont les liens sont fournis dans ce document. Ce jeu de données fournit les données d'abondances de truitelles (0+, 1+ et cumul), par station et par session de pêche.

Un barrage bloque le passage de nombreuses espèces de poissons migrateurs, mais certaines pas totalement. L’effet de fragmentation sur la diversité génétique des espèces qui en résulte va dépendre de l’ancienneté du barrage et de la taille efficace de la population de l’espèce considérée. Pour quantifier cet effet de manière standardisée, un nouvel indice de différenciation génétique, nommé 'F Index' pour 'Fragmentation index' a été récemment proposé (Prunier et al., 2020). Ce 'F Index' va être calculé pour 5 espèces de poissons (goujon, vairon, chevesne, chabot et loche franche) échantillonnées sur la Sélune en amont et en aval des barrages de Vezins et La Roche-qui-Boit, et ce avant et après l’effacement des barrages. Les résultats devraient aider à mesurer l’effet de restauration de la connectivité entre populations, la vitesse de cet effet, et aussi de le comparer entre espèces. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le cadre du projet de recherche "Mesure de la restauration de la connectivité entre populations de poissons suite à l’arasement des barrages de la Sélune", dit "F Index".

Un obstacle à l’écoulement est un ouvrage lié à l’eau qui est à l’origine d’une modification de l’écoulement des eaux de surface (dans les talwegs, lits mineurs et majeurs de cours d'eau et zones de submersion marine). Seuls les obstacles artificiels (provenant de l’activité humaine) sont pris en compte. Les données présentées sont issues de la couche de données ObstEcoul_FXX publiée par le SANDRE restreintes spatialement à l'emprise du bassin versant de la Sélune. Les données récupérées ont été mises à jour le 30/07/2024 à partir du flux mentionné ci-dessus et retraités pour compléter le type de l'obstacle avec un champs "nature" de l'obstacle représentant une aggrégation des types identifiés sur les valeurs suivantes : "Barrage", "Buse", "Digue", "Pont", "Seuil" et "Non renseigné". L'aggrégation mise en place pour renseigner le champ "nature" est la suivante : 1/ récupération des types d'obstacles présents sur le bassin versant (champ de la donnée source "CdTypeOuvr"). 2/ récupération des libellés associés dans la référence SANDRE : https://api.sandre.eaufrance.fr/referentiels/v1/nsa/284.csv?outputSchema=SANDREv3.1 3/ Filtre sur ces libellés pour renseigner le nouveau champ "nature" : - si le libellé contient "barrage" alors "nature" est initialisé à "Barrage" - si le libellé contient "buse" alors "nature" est initialisé à "Buse" - si le libellé contient "digue" alors "nature" est initialisé à "Digue" - si le libellé contient "pont" alors "nature" est initialisé à "Pont" - si le libellé contient "seuil" alors "nature" est initialisé à "Seuil" - si le libellé contient "non renseigné" (initialement code vide) alors "nature" est initialisé à "Non renseigné" Les autres champs proposés le jeu de données sont issus du flux SANDRE original mais renommés. La correspondance est fournie dans le dictionnaire de données associé.

La restauration des continuités écologiques sur la Sélune suite à l’effacement du dernier barrage va provoquer des changements majeurs sur le cours d’eau et ses berges. L’ouverture du barrage de La-Roche-Qui-Boit va impliquer des changements sur la biodiversité du cours d’eau, notamment sur les communautés piscicoles avec le retour des poissons migrateurs. Les communautés piscicoles sont inventoriées par analyse d’ADN environnemental (ADNe) sur plusieurs dizaines de stations, réparties sur le cours principal et les affluents. Le marqueur génétique utilisé (ADN mitochondrial 12S) permet de détecter la présence des espèces de migrateurs (indice de présence/absence et taux de détectabilité) tout en analysant l’évolution des communautés de poissons dans leur ensemble au cours du processus de restauration. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des communautés piscicoles par analyse d'ADN environnemental, réalisé dans le cadre de l'Observatoire Sélune depuis 2022.

Des stations de mesure en continu de paramètres hydrologiques, physiques, chimiques et sédimentaires ont été installées sur le fleuve Sélune, dans le cadre du programme scientifique de suivi de l’arasement des barrages de la Sélune. Les mesures sont acquises avec une fréquence au moins horaire depuis au plus 2014. Depuis 2019, ces stations relèvent de l'Observatoire Sélune, qui est en charge du suivi des paramètres environnementaux (biotiques et abiotiques). Les paramètres physico-chimiques mesurés comportent sur toutes les stations : la turbidité, le niveau d’eau, la conductivité. Sur certaines des stations, le pH et l’oxygène dissous ou la concentration en chlorophylle sont mesurés en plus. Cette couche donne les mesures corrigées, issues des stations de mesure hydrologique SIGNY, LA-ROCHE-QUI-BOIT, VIREY et DORIERE (uniquement jusque octobre 2020).

Les flux hydrologiques, sédimentaires fins et grossiers, et chimiques sont fortement impactés par la présence des barrages, alors que ces paramètres jouent un rôle majeur sur la qualité des habitats pour les communautés aquatiques. leur suivi sur le long terme est primordial dans le cadre d’une opération de restauration écologique après effacement de barrages. De plus sur la Sélune, le démantèlement s’accompagne d’une gestion spécifique des sédiments pour éviter un transfert massif de sédiments vers l’aval. Le transport des sédiments grossiers est étudié à l’aide de galets marqués par des transpondeurs passifs (pit tags). Ces pit tags ont été introduits dans plusieurs centaines de galets de différentes tailles du fleuve. Leurs déplacements au cours du cycle hydrologique sont suivis à l’aide d’une antenne que l’on déplace manuellement en parcourant la rivière, à raison d’une campagne par an. Cette couche donne les localisations des secteurs d'étude utilisés dans le suivi du transport des sédiments grossiers.

Les barrages sont à l’origine de modifications significatives du régime hydrologique, de la température de l’eau et des flux biologiques et biogéochimiques. C’est le cas des barrages de Vezins et de la Roche qui Boit, présents sur le cours principal de la Sélune, et d’autres plus petits obstacles qui fragmentent le bassin versant de la Sélune. Cette couche représente les barrages hydroélectriques de la Sélune, avec les batiments associés, en lien avec la production électrique. La géométrie de ces polygones est issue de plusieurs sources : BD Topo, OpenStreetMap (de 2019), complétée par photointerprétation. Des informations extraites du livre « Quand les rivières reprennent leur cours – Notes sur l’effacement de barrages et de seuils, sur la Sélune et ailleurs » ont été ajoutées pour décrire l'état (en service ou arasé), la nature et les caractérisques physiques de ces barrages.

Des stations de mesure en continu de paramètres hydrologiques, physiques, chimiques et sédimentaires ont été installées sur le fleuve Sélune, dans le cadre du programme scientifique de suivi de l’arasement des barrages de la Sélune. Les mesures sont acquises avec une fréquence au moins horaire depuis au plus 2014. Depuis 2019, ces stations relèvent de l'Observatoire Sélune, qui est en charge du suivi des paramètres environnementaux (biotiques et abiotiques). Les paramètres physico-chimiques mesurés comportent sur toutes les stations : la turbidité, le niveau d’eau, la conductivité. Sur certaines des stations, le pH et l’oxygène dissous ou la concentration en chlorophylle sont mesurés en plus. Cette couche donne les mesures brutes, issues des stations de mesure hydrologique SIGNY, LA-ROCHE-QUI-BOIT, VIREY et DORIERE (uniquement jusque octobre 2020).