Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée. Lors de chaque campagne, un protocole d'échantillonnage expérimental INRAe est mis en oeuvre. Ce protocole implique des dispositifs d'immersion (1 mois) de lames de verre, une mesure in situ de concentration en chlorophylle-a via BentoTorch puis une récolte du biofilm sur ces lames de verre. Le biofilm est conditionné dans (1) dans de l'éthanol à 99.9% pour la détermination des IBDs et des listes floristiques (prestation externalisée, s'appuyant sur la norme NF T90-354) et (2) dans de l'eau minérale pour mesure de concentration de la chlorophylle-a via spectromètre. La détermination des taxons s'appuie sur la version v17 de la référence TAXREF. Le jeu de données est actuellement sous embargo.

Les macrophytes sont un ensemble de plantes aquatiques. Elles se situent à la base de la chaine alimentaire et peuvent fournir un habitat à de nombreuses autres espèces. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBMR). Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Les paramètres suivis sont la composition spécifique et le recouvrement, sur 8 stations du cours principal situées à l’amont, à l’aval et sur les zones néo-lotiques des communautés de macrophytes. La fréquence du suivi consiste en une campagne annuelle pour les stations hors retenues (S0, S1 et S5) et deux campagnes annuelles (printemps/automne) pour les stations néo-lotiques (S2, S3.4, S4.1 et S6). Le protocole mis en œuvre est le protocole d’échantillonnage des macrophytes et bryophytes suivant la norme NF T90-395 (octobre 2003) qui définit l’IBMR. Les taxa sont prélevés pour être identifiés en laboratoire. Cette couche donne la valeur de l'indice IBMR et EQR (normé) à une station pour une campagne ainsi que les informations concernant la robustesse de cet indice, les quantités de taxons utilisés pour le calcul de ces indices mais également des informations en terme de proportion de grands groupes floristiques (heterotrophes, algues, bryophytes, pteridophytes, helophytes, phanerogrames, végétation flottante et végétation immergée).

La vallée de la Sélune subit actuellement d’importants changements dans la morphologie de ses berges et de son cours d’eau. Ainsi, l’analyse des interactions entre zone aquatique et zone riveraine dans ce contexte de restauration représente une opportunité scientifique unique de compréhension des mécanismes écologiques qui sous-tendent non seulement la résilience, mais aussi le fonctionnement global des écosystèmes. Le projet « interaction entre zones aquatiques et riveraines » (RestaurE) étudie le rétablissement du fonctionnement des écosystèmes de la Sélune (résilience). Il considère les interactions entre la morphologie du fleuve, la recolonisation de l’eau et des berges par la végétation et par les espèces d’invertébrés aquatiques et terrestres. Ce projet de recherche a pour objectif d’amorcer l’analyse des néo-habitats issus de la restauration de la Sélune en se concentrant sur les interactions terrestres/aquatiques au niveau des interfaces riveraines. Il permettra ainsi de comprendre le rôle spécifique de ces interactions dans le processus de résilience des écosystèmes en restauration. L’étude des interactions entre zones aquatiques et riveraines sur la Sélune est réalisée sous deux angles : (1) Caractériser le fonctionnement bio-géo-morphologique du cours d’eau et de ses berges ; (2) Étudier le fonctionnement des réseaux trophiques (aquatiques et terrestres). Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le cadre du projet "RestaurE".

Emprise de la carte pédologique de La Chapelle-des-Fougeretz au 1/25000. La donnée de base, au format image scannée, n'est pas publiée.

L’effacement des barrages de la Sélune a pour objectif de restaurer les écosystèmes aquatiques dans le bassin versant et les populations animales et végétales aquatiques. Une des conditions du succès de l’opération est la réapparition de formes fluviales diversifiées et d’habitats aquatiques diversifiés. Idéalement, le cours d’eau reprendrait son tracé et sa dynamique initiale. Cependant, la nécessaire gestion des sédiments a impliqué des interventions humaines de degrés variables selon les secteurs, avec des conséquences probables sur la morphologie du cours d’eau (sinuosité, géométrie) et sur la nature du substrat du lit (granulométrie). La lamproie marine et le saumon, candidats à la recolonisation, façonnent le substrat des cours d’eau en construisant des nids où ils déposent et recouvrent leurs œufs. Cette activité peut significativement et durablement modifier la répartition des sédiments dans les zones de reproduction et augmenter la complexité des habitats aquatiques. Le projet « rôle des espèces ingénieures dans la restauration des habitats » étudie l’influence de ces deux espèces de poissons migrateurs sur la mobilité des sédiments et la morphologie du cours d’eau dans leurs zones de reproduction. Comprendre le rôle de ces espèces est important pour suivre la restauration de la vallée de la Sélune après sa remise en continuité et le retour des grands migrateurs. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le cadre du projet de recherche "Espèces ingénieures" ("rôles des espèces ingénieures dans la restauration des habitats").

Le cours amont de la Sélune n'est pas accessible aux poissons migrateurs du fait des deux barrages hydroélectriques. Les lamproies sont bloquées à une quinzaine de kilomètres de la mer par le premier barrage infranchissable de la Roche qui boit. La méthode utilisée pour échantillonner les lamproies est celle mise au point par Lasne et al. (2010) permettant de prélever plus efficacement les individus de très petite taille que par pêche électrique. La méthode s’appuie sur l’utilisation d’un outil dérivé du filet de Surber, permettant de prélever les ammocètes de façon standardisée. Cette enceinte permet de réaliser des prélèvements ponctuels, à la manière des EPA. La réalisation d’un point de prélèvement se déroule en plusieurs étapes. Après avoir localisé un microhabitat favorable, une caisse est enfouie dans le substrat jusqu’à une profondeur d’environ 15 cm. L’opérateur prélève alors le substrat et le dépose dans le filet. La colonne d’eau dans la caisse est filtrée et les sédiments dans le filet déposés sur un tamis afin de récupérer toutes les ammocètes. Ces dernières sont mesurées et des prélèvements génétiques sont effectués lorsque leur taille le permet. Un total de 30 prélèvements maximum est effectué par station. Cette donnée comprend les abondances observées lors des échantillonnages de lamproies selon les années d'étude 2013, 2015, 2019 et 2021.

"Relevés floristiques en bordures de champs suivant un référentiel de 31 espèces dans 9 paysages agricoles distribués le long du fleuve Sélune, 2016" Relevés floristiques suivant un référentiel de 31 espèces (espèces du référentiel Ecobordure) sur une vingtaine de bordures de champs dans 9 paysages agricoles de 1km² distribués le long du fleuve Sélune. Projet de recherche: Seripage Site du projet de recherche: https://www6.rennes.inrae.fr/bagap/RECHERCHE/Analyse-et-modelisation-du-paysage/Projets-termines/SERIPAGE

Les flux hydrologiques, sédimentaires fins et grossiers, et chimiques sont fortement impactés par la présence des barrages, alors que ces paramètres jouent un rôle majeur sur la qualité des habitats pour les communautés aquatiques. leur suivi sur le long terme est primordial dans le cadre d’une opération de restauration écologique après effacement de barrages. De plus sur la Sélune, le démantèlement s’accompagne d’une gestion spécifique des sédiments pour éviter un transfert massif de sédiments vers l’aval. Le transport des sédiments grossiers est étudié à l’aide de galets marqués par des transpondeurs passifs (pit tags). Ces pit tags ont été introduits dans plusieurs centaines de galets de différentes tailles du fleuve. Leurs déplacements au cours du cycle hydrologique sont suivis à l’aide d’une antenne que l’on déplace manuellement en parcourant la rivière, à raison d’une campagne par an. Cette couche donne les localisations des secteurs d'étude utilisés dans le suivi du transport des sédiments grossiers.

Registre Parcellaire Graphique anonymisé du Finistère et rotations culturales de 2006 à 2014. La rotation culturale indiquée correspond à celle de la parcelle principale de chaque ilot déclaré à la PAC en 2014. Travail réalisé par l'UMR AGIR INRA et l'ODR INRA. Un identifiant non signifiant permet de retrouver les ilots d'une même exploitation.