Le rétablissement du continuum fluvial de la Sélune après l’arasement des barrages permettra la colonisation de l’amont du bassin anciennement inaccessible aux truites. Ainsi, le suivi des populations piscicoles amphihalines de la Sélune est réalisé sur le cours principal et ses affluents, aussi bien en amont qu’en aval des anciens barrages. Ceux-ci permettent d’appréhender la dynamique de ces populations de truites communes avant, pendant et après l’effacement des barrages. Concernant les truites, l’inventaire est réalisé en suivant le protocole VIGITRUITE®. Il s'agit d'un protocole standardisé pour estimer l’abondance des juvéniles de truite (Salmo trutta) en cours d’eau. Il s’appuie sur un échantillonnage par unité d’effort, unité fixée à 5 minutes de pêche effective, et délivre ainsi des abondances en nombre de juvéniles par 5 minutes. Des abaques pour convertir les abondances en densités sont disponibles, et un guide d’interprétation des densités, de faibles à excellentes, est proposé. Il permet de mobiliser sur le terrain un nombre réduit de personnes par rapport aux inventaires traditionnels. Le protocole s’applique en cours d’eau jusqu’à 8 m de large où la profondeur n’excède jamais 60 cm. Il a été validé sur des rivières granitiques et calcaires en Bretagne et Normandie. VIGITRUITE® cible spécifiquement les juvéniles de l’année (0+) et les juvéniles d’un an (1+). L’abondance en 0+ renseigne du remplacement des générations (ou recrutement), utile au suivi démographique des populations. L’abondance des 0+ et 1+ est aussi le reflet de la qualité de l’habitat trutticole et des atteintes ponctuelles à son intégrité (pollution, sédimentation, fragmentation notamment). C’est un outil diagnostic des populations de truite et de leurs habitats en cours d’eau. Ce protocole est appliqué en septembre des années considérées : tous les 2 ans entre 2012 et 2020 puis chaque année de 2021 à 2027. L'année 2020 est particulière à cause du COVID. Pour plus d'information concernant les condition d'acquisition, se reporter aux rapports de l'observatoire Sélune des biocénoses dont les liens sont fournis dans ce document. Ce jeu de données fournit les données d'abondances de truitelles (0+, 1+ et cumul), par station et par session de pêche.

Les macro invertébrés benthiques (insectes, crustacés, mollusques, vers) forment un important maillon de la chaine alimentaire. Le suivi de ces communautés permet une visualisation rapide d’un changement de conditions environnementales. Dans le cadre du projet Biomonitoring, puis de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Les paramètres suivis sont la composition taxonomique des communautés sur 5 stations du cours principal situées à l’amont, à l’aval et sur les nouveaux habitats lotiques. La fréquence d’échantillonnage impliquent deux campagnes annuelles d’échantillonnage (printemps et automne). Les protocoles mis en œuvre sont la pose de 4 substrats artificiels (SUBART) par station et relevé après 1 mois d’immersion ainsi que 12 prélèvements Surber par station, suivant la norme NF T 90-333 (2016), permettant le calcul de l’I2M2 suivant la norme NF T 90-388 (2020) et Mondy et al., 2012. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des macroinvertébrés benthiques ainsi que les campagnes réalisées dans le cadre du projet Biomonitoring et de l'observatoire Sélune. ce suivi a été finalisé avec les dernières acquisition terrain en 2025.

L’ouverture des barrages devrait impacter le fonctionnement des populations de saumons atlantiques remontant la Sélune ou ses affluents. Le rétablissement de la continuité écologique du fleuve modifiera les flux populationnels en autorisant la remontée plus en amont des saumons atlantiques en aval et en amont des barrages. La population de saumons atlantiques est suivie sur un réseau de stations couvrant l’ensemble du bassin de la Sélune à l'aide d'un indice d’abondance, qui est effectué tous les 2 ans avant 2021 et tous les ans depuis. Les campagnes de terrain respectent le protocole de pêche mis au point par l’INRAE et l'OFB. L’objectif de cette méthode est d’estimer le niveau d’abondance de juvéniles de saumon atlantique (Salmo salar) sur une station (ou secteur). Ce protocole vise les juvéniles de l’année (d’âge 0+) dont l’abondance traduit le renouvellement des générations au sein de la population (ou recrutement) et la survie après les phases de développement embryonnaire sous gravier et les premiers mois de vie en milieu ouvert. Les campagnes de terrain sont assurées par INRAE et les Fédération de la Manche d'Ille-et-Vilaine pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique (FDAAPPMA50 et FDAAPPMA35). Ce jeu de données fournit les données individuelles biométriques sur les saumons atlantiques capturés lors des sessions de pêche IAS sur le bassin versant de la Sélune, par station et par session de pêche.

Un obstacle à l’écoulement est un ouvrage lié à l’eau qui est à l’origine d’une modification de l’écoulement des eaux de surface (dans les talwegs, lits mineurs et majeurs de cours d'eau et zones de submersion marine). Seuls les obstacles artificiels (provenant de l’activité humaine) sont pris en compte. Les données présentées sont issues de la couche de données ObstEcoul_FXX publiée par le SANDRE restreintes spatialement à l'emprise du bassin versant de la Sélune. Les données récupérées ont été mises à jour le 30/07/2024 à partir du flux mentionné ci-dessus et retraités pour compléter le type de l'obstacle avec un champs "nature" de l'obstacle représentant une aggrégation des types identifiés sur les valeurs suivantes : "Barrage", "Buse", "Digue", "Pont", "Seuil" et "Non renseigné". L'aggrégation mise en place pour renseigner le champ "nature" est la suivante : 1/ récupération des types d'obstacles présents sur le bassin versant (champ de la donnée source "CdTypeOuvr"). 2/ récupération des libellés associés dans la référence SANDRE : https://api.sandre.eaufrance.fr/referentiels/v1/nsa/284.csv?outputSchema=SANDREv3.1 3/ Filtre sur ces libellés pour renseigner le nouveau champ "nature" : - si le libellé contient "barrage" alors "nature" est initialisé à "Barrage" - si le libellé contient "buse" alors "nature" est initialisé à "Buse" - si le libellé contient "digue" alors "nature" est initialisé à "Digue" - si le libellé contient "pont" alors "nature" est initialisé à "Pont" - si le libellé contient "seuil" alors "nature" est initialisé à "Seuil" - si le libellé contient "non renseigné" (initialement code vide) alors "nature" est initialisé à "Non renseigné" Les autres champs proposés le jeu de données sont issus du flux SANDRE original mais renommés. La correspondance est fournie dans le dictionnaire de données associé.

Un barrage bloque le passage de nombreuses espèces de poissons migrateurs, mais certaines pas totalement. L’effet de fragmentation sur la diversité génétique des espèces qui en résulte va dépendre de l’ancienneté du barrage et de la taille efficace de la population de l’espèce considérée. Pour quantifier cet effet de manière standardisée, un nouvel indice de différenciation génétique, nommé 'F Index' pour 'Fragmentation index' a été récemment proposé (Prunier et al., 2020). Ce 'F Index' va être calculé pour 5 espèces de poissons (goujon, vairon, chevesne, chabot et loche franche) échantillonnées sur la Sélune en amont et en aval des barrages de Vezins et La Roche-qui-Boit, et ce avant et après l’effacement des barrages. Les résultats devraient aider à mesurer l’effet de restauration de la connectivité entre populations, la vitesse de cet effet, et aussi de le comparer entre espèces. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le cadre du projet de recherche "Mesure de la restauration de la connectivité entre populations de poissons suite à l’arasement des barrages de la Sélune", dit "F Index".

Le cours amont de la Sélune n'est pas accessible aux poissons migrateurs du fait des deux barrages hydroélectriques. Les lamproies sont bloquées à une quinzaine de kilomètres de la mer par le premier barrage infranchissable de la Roche qui boit. La méthode utilisée pour échantillonner les lamproies est celle mise au point par Lasne et al. (2010) permettant de prélever plus efficacement les individus de très petite taille que par pêche électrique. La méthode s’appuie sur l’utilisation d’un outil dérivé du filet de Surber, permettant de prélever les ammocètes de façon standardisée. Cette enceinte permet de réaliser des prélèvements ponctuels, à la manière des EPA. La réalisation d’un point de prélèvement se déroule en plusieurs étapes. Après avoir localisé un microhabitat favorable, une caisse est enfouie dans le substrat jusqu’à une profondeur d’environ 15 cm. L’opérateur prélève alors le substrat et le dépose dans le filet. La colonne d’eau dans la caisse est filtrée et les sédiments dans le filet déposés sur un tamis afin de récupérer toutes les ammocètes. Ces dernières sont mesurées et des prélèvements génétiques sont effectués lorsque leur taille le permet. Un total de 30 prélèvements maximum est effectué par station. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans l'échantillonnage des lamproies selon les années d'étude 2013, 2015, 2019 et 2021.

Le rétablissement du continuum fluvial de la Sélune après l’arasement des barrages permettra la colonisation de l’amont du bassin anciennement inaccessible aux anguilles. Avant l'arasement, deux affluents principaux étaient utilisés par les poissons amphihalins pour leur reproduction, en plus du cours principal : le Beuvron et l'Oir. La population d’anguilles de la Sélune a été suivie en phase pré-arasement par des campagnes d’indice d’abondance effectuées en 2013, 2015, 2019 sur un réseau de stations couvrant l’ensemble du réseau hydrographique de la Sélune. Depuis 2021, ce réseau de station a évolué pour suivre l'évolution sur la partie du bassin versant accessible suite au démantèlement des 2 barrages. Ces données permettent d’estimer l’évolution de l’abondance des anguilles le long de la Sélune et de ses affluents et leur structuration en taille avant et après la destruction des barrages. L’inventaire est réalisé début septembre, une année sur deux entre 2013 et 2019, puis tous les ans depuis, à l'aide d'un dispositif de pêche électrique et d'épuisettes. Trente points de pêche de trente secondes minimum sont réalisés. Une station de pêche comprend environ 100 mètres de linéaire de cours d’eau. Toutes les anguilles pêchées sont anesthésiées et font l’objet de mesures biométriques (poids, longueur, diamètre oculaire horizontal, vertical, détermination du stade jaune ou argentée). L’ensemble des anguilles est relâché directement sur le site de pêche. Deux protocoles différents mis en œuvre : Indice d’Abondance Anguille (Pottier et Chapon, 2022) sur 23 stations et pêches par épuisement sur 8 autres stations (IAA01 à IAA08) sur le cours d’eau de l’Oir et certains de ses affluents selon un protocole interne. Cette couche fournit les abondances aux stations et ce par session de pêche.

L’écrevisse invasive Pacifastacus leniusculus, également appelée écrevisse de Californie ou Signal est présente sur le bassin de la Sélune depuis plusieurs années mais cantonnée à l’amont par les retenues d’eau des barrages. Son habitat potentiel va être considérablement étendu du fait de la renaturation de la vallée de la Sélune. L’objectif de ce suivi est de décrire si, et à quelle vitesse les Pacifastacus colonisent l’aval de la Sélune au fur et à mesure de son retour à un état lotique ("rivière courante"), et si de là elles colonisent les affluents auparavant inaccessibles car débouchant directement dans les retenues d’eau. Le suivi est réalisé à travers deux campagnes annuelles de suivi, au printemps et à l’automne. La présence de Pacifastacus est recherchée par piégeage via l’Indice d’Abondance Ecrevisse IAE. L’IAE est réalisé sur les stations les plus sensibles du front de colonisation et consiste à poser 15 nasses non appâtées durant 24 heures, installées tous les 10 mètres au minimum. Cette couche donne les localisations de ces stations par session session (campagne).

Représentation des tronçons hydrographiques du bassin versant du site de Naizin dans le Morbihan dans le cadre de l'Observatoire de Recherche en Environnement (ORE) AgrHyS de l'INRAE. Cette couche spatiale est extraite du jeu de données des tronçons hydrographiques de France métropolitaine BD Topage® version 2019. Le tronçon hydrographique est le découpage le plus fin d'un réseau hydrographique. Il peut composer un cours d'eau ou traverser un plan d'eau. Il correspond au concept « WatercourseLink » d'Inspire.