Lors de la création du CEVA en 1982 (anciennement CERAA), une enquête par questionnaire a été adressée par voie postale à des communes littorales des 4 départements, dont l’objectif était de collecter des informations sur le phénomène d’intensification de la présence d’algues vertes au cours des dernières années. Le questionnaire aborde les constatations d’échouage sur le littoral communal et les ramassages éventuellement entrepris : volume, type d’algue, coûts engendrés, moyens de ramassage et destination des algues. Aujourd’hui, les courriers sont adressés électroniquement aux communes et un questionnaire en ligne a été mis en place en 2019. Une base de données a été créée et mise à jour chaque année depuis 1997 avec les volumes d’algues vertes ramassées (m3/an) signalés par les communes. Cette couche géographique est tirée de cette base de donnée.

La couche des parcelles du Système d’Observatoires d’Expérimentations et de Recherche en Environnement (SOERE) de Produits Résiduaires Organiques (PRO) EFELE représente la position géographique des parcelles ou sont effectuées différentes mesures de l'air, du sol et de l'eau.

L’ouverture des barrages va considérablement impacter le fonctionnement des populations de truites de la Sélune. Le rétablissement de la continuité écologique du fleuve modifiera les flux populationnels en autorisant la remontée plus en amont des truites de mer amphihalines et le déplacement des truites autochtones en aval et en amont des barrages. La population de truites est suivie sur un réseau de stations couvrant l’ensemble du bassin de la Sélune à l'aide d'un indice d’abondance, qui est effectué tous les 2 ans. Les campagnes de terrain respectent le protocole de pêche Vigitruite®, mis au point à l’INRAE et destiné à être utilisé partout en France. Cet indice d’abondance, rapporté à la superficie d’habitats favorables sur le cours d’eau permet d’évaluer la quantité de truitelles présentes dans la rivière, issues de la reproduction naturelle des années passées. Les campagnes de terrain sont assurées par INRAE et la Fédération d'Ille-et-Vilaine pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique (FDAAPPMA35) Cette couche donne les localisations de ces secteurs d'étude selon l'année d'étude : 2012, 2014, 2018, 2020, 2022, 2023, 2024 et 2025.

Le CEVA a été chargé, de 2002 à 2006, de la mise en place puis de la réalisation du suivi du phénomène de « marées vertes » à l’échelle de la Bretagne, dans le cadre du programme Prolittoral, programme régional et interdépartemental de lutte contre les marées vertes (financement de l’Agence de l’Eau Loire Bretagne, du Conseil régional de Bretagne et des quatre Conseils généraux bretons). Dans ce cadre, le CEVA a développé des outils spécifiques pour évaluer le phénomène et son évolution. Ces outils ont été élaborés en partant de la connaissance du phénomène acquise au travers des suivis antérieurs, réalisés pour le compte du Conseil général des Côtes d’Armor, de l’Agence de l’Eau Loire Bretagne et de collectivités locales bretonnes particulièrement touchées par le phénomène. Depuis 2007, le CEVA réalise les inventaires de marées vertes du Réseau de Contrôle de Surveillance (RCS) dans le cadre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) pour l’évaluation des masses d’eau côtières et de transition, financée par l’Agence de l’Eau Loire Bretagne. Trois survols sont réalisés chaque année (mai, juillet, septembre) de l’ensemble du littoral (du Mont Saint Michel à l’île de Ré) faisant l’objet de l’acquisition de photographies aériennes à partir desquelles des surfaces d’échouages d’ulves sont mesurées. Pour les sites de type « sableux » classés « site à échouage d’ulves », l’estimation surfacique des échouages d’ulves en lame est réalisée pour chaque inventaire. Pour les sites de type « vaseux » marqués par un tapis continu d’algues vertes, toutes les surfaces couvertes par les algues vertes (filamenteuses ou en lames) sont estimées uniquement pour l’inventaire présentant un maximal annuel de biomasse. Cela fait suite à la mise au point des grilles de classement européennes de la DCE des masses d’eau de type « abritées » (vasières) en 2008.

L’effacement des barrages de la Sélune fait l’objet d’un programme scientifique initié en 2012 dans lequel des paramètres environnementaux sont suivis afin de fournir un réel retour d’expérience sur cette opération de restauration. En 2019 s’est mis en place un observatoire de données, chargé d’assurer la collecte et le traitement de ces paramètres (biotiques et abiotiques). Les données acquises à partir de 2012 et au moins jusqu’en 2027, seront centralisées grâce à un système d’information (SI), appelé SISelune. SISelune vise à aider les scientifiques associés au programme Sélune et à rendre les données accessibles à tous. Le programme scientifique Sélune s'est doté d'un référentiel, composé de points. Ces points sont utilisables par tous les acteurs du programme pour désigner plus facilement n'importe quel lieu au sein de la zone d'étude. Les points sont créés le long des cours d'eau, avec une approche "Point kilométrique" (tous les 100m, en allant de l'amont vers l'aval). Chacun de ces points dispose d'un code unique, correspondant à l'association du cours d'eau (désigné par un code court) et de la distance à la source ou la confluence. Depuis 2025, chacun de ces points est également caractérisé par son positionnement sur le bassin versant (aval, amont, ...) par rapport à la zone déterminée par les anciens barrages et leurs réservoirs ainsi que leur distance à la mer sous 2 formes (LTM : Limite Transversale à la mer et LSE : Limite de Salure des eaux).