Le cours amont de la Sélune n'est pas accessible aux poissons migrateurs du fait des deux barrages hydroélectriques. Les lamproies sont bloquées à une quinzaine de kilomètres de la mer par le premier barrage infranchissable de la Roche qui boit. La méthode utilisée pour échantillonner les lamproies est celle mise au point par Lasne et al. (2010) permettant de prélever plus efficacement les individus de très petite taille que par pêche électrique. La méthode s’appuie sur l’utilisation d’un outil dérivé du filet de Surber, permettant de prélever les ammocètes de façon standardisée. Cette enceinte permet de réaliser des prélèvements ponctuels, à la manière des EPA. La réalisation d’un point de prélèvement se déroule en plusieurs étapes. Après avoir localisé un microhabitat favorable, une caisse est enfouie dans le substrat jusqu’à une profondeur d’environ 15 cm. L’opérateur prélève alors le substrat et le dépose dans le filet. La colonne d’eau dans la caisse est filtrée et les sédiments dans le filet déposés sur un tamis afin de récupérer toutes les ammocètes. Ces dernières sont mesurées et des prélèvements génétiques sont effectués lorsque leur taille le permet. Un total de 30 prélèvements maximum est effectué par station. Ce tableau contient les données individuelles sur les lamproies capturées selon les années d'étude 2013, 2015, 2019 et 2021.

Le CEVA a été chargé, de 2002 à 2006, de la mise en place puis de la réalisation du suivi du phénomène de « marées vertes » à l’échelle de la Bretagne, dans le cadre du programme Prolittoral, programme régional et interdépartemental de lutte contre les marées vertes (financement de l’Agence de l’Eau Loire Bretagne, du Conseil régional de Bretagne et des quatre Conseils généraux bretons). Dans ce cadre, le CEVA a développé des outils spécifiques pour évaluer le phénomène et son évolution. Ces outils ont été élaborés en partant de la connaissance du phénomène acquise au travers des suivis antérieurs, réalisés pour le compte du Conseil général des Côtes d’Armor, de l’Agence de l’Eau Loire Bretagne et de collectivités locales bretonnes particulièrement touchées par le phénomène. Depuis 2007, le CEVA réalise les inventaires de marées vertes du Réseau de Contrôle de Surveillance (RCS) dans le cadre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) pour l’évaluation des masses d’eau côtières et de transition, financée par l’Agence de l’Eau Loire Bretagne. Trois survols sont réalisés chaque année (mai, juillet, septembre) de l’ensemble du littoral (du Mont Saint Michel à l’île de Ré) faisant l’objet de l’acquisition de photographies aériennes à partir desquelles des surfaces d’échouages d’ulves sont mesurées. Pour les sites de type « sableux » classés « site à échouage d’ulves », l’estimation surfacique des échouages d’ulves en lame est réalisée pour chaque inventaire. Pour les sites de type « vaseux » marqués par un tapis continu d’algues vertes, toutes les surfaces couvertes par les algues vertes (filamenteuses ou en lames) sont estimées uniquement pour l’inventaire présentant un maximal annuel de biomasse. Cela fait suite à la mise au point des grilles de classement européennes de la DCE des masses d’eau de type « abritées » (vasières) en 2008.

La restauration des continuités écologiques sur la Sélune suite à l’effacement du dernier barrage va provoquer des changements majeurs sur le cours d’eau et ses berges. L’ouverture du barrage de La-Roche-Qui-Boit va impliquer des changements sur la biodiversité du cours d’eau, notamment sur les communautés piscicoles avec le retour des poissons migrateurs. Les communautés piscicoles sont inventoriées par analyse d’ADN environnemental (ADNe) sur plusieurs dizaines de stations, réparties sur le cours principal et les affluents. Le marqueur génétique utilisé (ADN mitochondrial 12S) permet de détecter la présence des espèces de migrateurs (indice de présence/absence et taux de détectabilité) tout en analysant l’évolution des communautés de poissons dans leur ensemble au cours du processus de restauration. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des communautés piscicoles par analyse d'ADN environnemental, réalisé dans le cadre de l'Observatoire Sélune depuis 2022.